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魏忠贤的出现打乱了明朝的文官治国体系，在他疯狂的屠杀迫害之后，行政权力转移到宦官，大臣的权力被剥夺。

明朝的宦官专权实际上是皇帝想夺回权力的工具。宦官们惟利是图，被阉了后只有依靠皇权才能生存，除了皇宫连谋生的本领都没有。而且，对于那些宦官，如果皇帝嫌他权利太大，与之形成矛盾，皇帝不高兴了一纸诏书就可以扳倒，因为这时皇帝就与内阁和大臣一边了。这绝非唐朝时，宦官权利大到可以杀皇帝可比。比如英宗于曹吉祥，宪宗于汪直，武宗于刘瑾，思宗于魏忠贤，无不如是。

朱元璋废宰相一职，仿宋殿阁制设内阁。明朝在中央设置六部、五寺、特务机构内行厂、三公、诸司、外三监、内十二监。

六部

明朝在中央设置吏、户、礼、工、刑、兵六部，与前代相比，明朝最初在每部增加尚书侍郎各一。胡惟庸案之后，朱元璋废丞相之职，取消中书省。六部因此地位得到了提高。每部只设一个尚书，两个侍郎，原有的各科尚书降为郎中。各部尚书和侍郎的官阶也上升。其中以吏部（主管文官升迁）最为重要，户部人员最多。礼部（主管祭祀大典）与工部（主管公共建设）地位较低。

监察机构

在洪武十三年前，明朝还沿袭元的监察制度，设立御史台，有左右御史大夫各一名。洪武十三年后，朱元璋废御史台。两年之后，朱元璋设立新的监察机构—都察院。都察院下面设立监察御史若干人，分巡全国各省，称为十二道监察御史。每道有监察御史三至五人，范围大体为一省。但监察御史都驻在京师，有事带印出巡，事毕回京缴印。到明末，监察御史分为十三道，共有一百一十人。

六科

明朝开始只设了给事中。到洪武二十四年，设都给事中六人，分吏、户、礼、工、刑、兵六科，每科一人。该制度基本是继承了唐朝的门下省制度。六科官职品级虽低，然职权很高。他们可以不赞成皇帝的意旨。而该制度也发挥了一定的改善朝政作用。

五寺

五寺包括大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺。大理寺与刑部和都察院合为三法司，其职权与今日之最高法院相似。大理寺的首长称为大理寺卿，也是九卿之一。其余四个寺的卿职权较低。太常寺负责祭祀；太仆寺管理马匹；光禄寺负责寿宴；鸿胪寺负责接待外宾。

内阁

在废除丞相制度后，朱元璋亲理政务，一度深感疲惫，于是设立四辅制度来辅佐政事。但这项制度效能不彰。洪武十七年后被废。之后朱元璋请来几位翰林学士帮忙辅佐，这些翰林学士的官职被命为“XX大学士”。这也就是所谓的内阁机构。

特务机构

参见：锦衣卫、东厂和西厂，前几章。